Несмотря на близость крупного города, портов и промышленных зон, Невская губа сохраняет природное значение. Её мелководья, тростниковые заросли, острова и прибрежные участки служат местом обитания рыб, водоплавающих птиц и других животных. Особенно важна акватория в периоды сезонных миграций, когда здесь останавливаются стаи уток, чаек, лебедей и куликов.
На побережье расположены особо охраняемые природные территории, в том числе заказники «Северное побережье Невской губы» и «Южное побережье Невской губы». Они созданы для сохранения мелководных участков, прибрежных лесов, лугов и мест гнездования птиц.
На экологическое состояние водоёма влияют:
- работа портов и движение судов;
- углубление фарватеров;
- строительство и намыв новых территорий;
- загрязнение воды и донных отложений;
- сокращение естественных мелководий;
- изменение водообмена после строительства дамбы;
- хозяйственное освоение береговой линии.
Большое значение имеет поступление пресной воды из Невы. Вместе с речным стоком в губу попадают не только природные наносы, но и загрязняющие вещества, поэтому качество воды зависит от состояния всей речной системы. Дополнительную нагрузку создают промышленные предприятия, портовые объекты и интенсивное судоходство.
При этом берега Невской губы остаются популярным местом отдыха. Прогулочные маршруты, парки и смотровые площадки расположены в Лахте, Лисьем Носу, Кронштадте, Стрельне, Петергофе и Ломоносове. Отсюда открываются виды на Финский залив, дамбу, остров Котлин, морские каналы и проходящие суда.
На побережье можно гулять, наблюдать за птицами, фотографировать закаты и знакомиться с историческими достопримечательностями. Однако для купания подходят не все участки: состояние воды, глубина, течение и благоустройство пляжей могут отличаться. Перед поездкой стоит уточнить действующие ограничения и санитарное состояние конкретной зоны отдыха.
Сохранение Невской губы требует баланса между развитием города и защитой природы. Контроль качества воды, восстановление прибрежных территорий и сохранение мелководий помогают поддерживать экосистему одного из важнейших водоёмов Санкт-Петербурга.